马来西亚主要港口有巴生港、槟城港、柔佛港、马六甲港、帕西古当、皇京港、丹戎帕拉帕斯港、关丹港、甘马挽港、古晋港、民都鲁港和纳闽港等。其中最著名的港口是槟城(PENANG ) ，巴生港 PORT KELANG，帕西古当(PASIR GUDANG)
1、槟城（PINANG）
亦称“乔冶市”。位于槟榔屿东北角砂咀上，居马六甲海峡北口，扼槟榔屿海峡西岸，马来西亚第二大城市和最大转口港。港口水深可泊巨轮。半导体、电子工业居全国领先地位。马来西亚北部地区与缅甸、泰国及印尼苏门答腊岛等邻近地区的农林矿产品在此加工转口。港口性质：峡颈港、基本港（C、M） 。
本港有二个港区：摈榔屿的乔治港区和大陆的北海港区，港区主要码头泊位有8个，岸线长1411m，最大水深为12.8m。装卸设备有各种门吊、可移式吊、电吊、跨运车、铲车、牵引车、拖船及滚装设施等，其中门吊最大起重能力为35吨，拖船的最大功率为1471kW。该港可同时停靠15艘万吨级船舶，进行过驳装卸作业。集装箱堆场可存放1080OTEU。码头最大可靠3万载重吨的油船。大船锚地水深达16m。1994年隼装箱吞吐量达40万TEU，比1993年增长17%。主要出口货物为锡、橡胶、椰子、水果、蔬菜及水产品等，进口货物主要有食品、机器、运输设备及金属产品等。
2、巴生港（PORT KELANG）
巴生港位于马来西亚首都吉隆坡西南约40公里，马六甲海峡之东北岸，东距邻国的新加坡港211海里，北距槟城港191海里，西距印尼的勿拉湾港237海里。港区在巴生河口以北，沿海岸南北伸展，又有南、北港之分。北纬03.00°，东经101.24°。
位于马来半岛西部沿海、滨巴生河口，东距吉隆坡40公里，是它的外港，旧称“瑞天咸港”，原为马来西亚最大港口，腹地广阔，全国木材、棕油和橡胶的主要出口港，进口钢铁、化肥、小麦、大米、化工等产品。河口有群岛屏蔽，分南北两港，相距4.8公里,北港对面深水锚地能同时停泊20艘海轮。巴生港 旧名“瑞天咸港”。
巴生港是马来西亚的最大港口，地理位置优越，位于马六甲海峡，是远东至欧洲贸易航线的理想停靠港，因此在航运市场中具有明显的竞争优势。巴生港毗邻设有自由贸易区，其腹地广阔，产业发达，已发展成为区域性的配发中心。1973年建为红海与马六甲海峡之间第一个集装箱货运港。滨巴生河口，东距吉隆坡40公里。人口约13万。腹地广阔。全国木材、棕油与橡胶的主要出口港，进口钢铁、化肥、砂糖、小麦、大米、石油及化工产品。河口有群岛屏蔽，分南北两港。两港相距4.8公里。北港对面深水锚地能同时停泊20艘海轮，工业有面粉、制糖及橡胶等。
巴生港实为吉隆坡之外港。它们的能源、原材料、进口，工业品出口均经巴生港(PORT KELANG)，使港口吞吐量居全国第一位。为适应该国经济的迅速发展，第二期8个泊位的建设也开始，将于2000年完成全部西港建设计划。政府还将东南部地区建设第四港区。
3、帕西古当(PASIR GUDANG)
马来西亚新建商港。位于该国西部马来半岛东南端，柔佛海峡东北岸，南与新加坡三巴旺港区隔峡相望，西距新山(柔佛巴鲁)市10海里，是该市、也是柔佛州的海上门户，因而也有人称柔佛港。船舶由柔佛海峡东口入港，入港航道水深12.5米以上。
港区东西排列，西部有两座倒“L”形大突堤，西座为危险品码头，长216米，前沿水深11米；东座为油轮码头，内外侧共两个泊位，水深10.0米，有油管与后方油库相连；它们之间还有木材小突堤，石油码头近岸也有近海码头107米，水深5米；港区东部顺岸西东排列着6个远洋泊位，总长1093米，前沿水深12.2米，主要用于杂货、集装箱，码头上有5台36吨岸吊，其中一台为集装箱码头装卸桥，另一台为多用途吊。
海运到马来西亚应该注意哪些问题：
1、订舱委托的注意事项，目的港、船期、箱型箱量，最基本的三项；
2、不能错货描、件重尺，货物是否为危品、一般化工品；
3、如果是冷箱，确定温度、通风度，货物是否超重超尺寸；
4、对于开顶箱或框架箱要问清长宽高，对于超重货物确认起运港、目的港港口吊装的限重；
5、分票、转运，客户是否要分票报关、是否同意转运；
6、装箱的注意事项，提箱，食品药品服装都不能用新箱，新箱有油漆味；
7、重货选择新箱，载重大，同时要看箱子是否完好，地板是否有污损，如果有不好一定要更换；
8、装箱分产装和送货，产装要和车队确认时间、地点;送货要和仓库说明到货时间、装箱要求、注意事项
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